Depois que o Coringa destrói Metrópolis com uma arma nuclear (enganando Superman, que acreditava estar lutando contra Apocalypse mas acaba matando Lois Lane e o seu filho não nascido), Superman assassina o Coringa diante de Batman e estabelece uma nova ordem mundial. Ao longo dos meses, a batalha entre as forças do Regime do Superman e os aliados da Rebelião de Batman tem continuidade.
Capítulo 1 (Batman):Enquanto isso, na Terra original, a Liga da Justiça enfrenta Adão Negro, Apocalypse, Ares e outros vilões enquanto Batman confronta e derrota o Exterminador no Asilo Arkham. Batman vai até a Torre de Vigilância dar suporte a Ciborgue e Asa Noturna, encontrando Mulher-Gato (neutralizada pelos heróis antes da chegada de Batman), Bane e Lex Luthor. Batman vence a última dupla e percebe que há uma bomba em Metrópolis. Batman chega primeiro na praça onde a bomba está e encontra o Coringa. Quando o palhaço está prestes a acionar a bomba, Batman pula em sua direção, enquanto Flash, Aquaman, Arqueiro Verde, Hal Jordan e Mulher Maravilha correm até a praça. Um evento inexplicável ocorre e Aquaman, Batman, Coringa, Mulher-Maravilha, Arqueiro Verde e Hal Jordan vão parar na Terra do Regime do Superman.
Capítulo 2 (Lanterna Verde): Depois de chegar a este mundo, na tentativa de descobrir o que aconteceu, Aquaman viaja até a Atlântida para pesquisar os arquivos enquanto o Lanterna Verde vai recarregar o seu anel. Depois de derrotar Ravena e Cyborg em batalha, tendo-os surpreendido torturando o Exterminador, Lanterna Verde desafia Sinestro e sua versão alternativa (aqui um membro da Tropa Sinestro), enquanto eles tentam capturar a Mulher-Maravilha e o Arqueiro Verde, subsequentemente encontrando o Batman deste mundo.
Capítulo 3 (Aquaman): Após descobrir que os atlantes concordaram com o tratado que coloca Superman no controle quase total do seu exército, Aquaman rejeita o tratado, derrotando o Flash, Shazam e sua própria versão alternativa, antes de Ares aparecer. Reconhecendo que está enfraquecido pela falta de conflito, Ares ordena que Aquaman se una aos rebeldes, entre eles um Lex Luthor que nunca foi um criminoso. Batman explica que na Batcaverna há uma arma que pode derrotar o Superman.
Capítulo 4 (Coringa): Transportado para este mundo com os outros heróis, Coringa derrota o "seu" Batman no momento em que o Regime o captura, apenas para aliar-se, posteriormente, à Arlequina deste mundo. Depois que o grupo da Arlequina é atacado por Asa Noturna (Damian Wayne, que assumiu o manto após acidentalmente assassinar Dick Grayson) e pela Mulher-Gavião, eles são salvos pelos heróis, que vão até à Batcaverna para recuperarem a arma.
Capítulo 5 (Arqueiro Verde): Os heróis invadem a Mansão Wayne para adentrar a Batcaverna, enquanto o Batman explica como Coringa enlouqueceu Superman, além de revelar que o Arqueiro Verde desse universo morreu desafiando Superman. Arqueiro lidera os heróis até a sala de jantar, e encontram Nevasca e Solomon Grundy. Arqueiro Verde enfrenta Grundy e o derrota, mas ele se levanta e Lanterna Verde assume a luta. Nevasca congela Mulher-Maravilha e Arqueiro Verde derrota Nevasca. Lanterna Verde retorna da luta com Grundy. Mulher- Maravilha pergunta se Lanterna matou Grundy, mas Batman e Aquaman chegam e Batman fala que Grundy irá ficar bem. Na Sala da Justiça, Superman ordena à Lex a construção de um leitor que identificassem as "duplicatas". Lex fala fala que vai demorar,mas que vai dar um jeito. Na Batcaverna, os heróis pegam a arma para derrotar Superman e vão embora.
Capítulo 6 (Ciborgue): Entretanto, os heróis do outro mundo tentam recuperar os seus colegas, mas na sua primeira tentativa simplesmente enviam Ciborgue para uma realidade mais escura. Ciborgue ouve Lex Luthor e o Exterminador discutindo um plano para derrotar o Superman, provocando um breve confronto diante dos outros heróis deslocados explicando a situação para ele.
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